化橘红之名，始见于清乾隆30年（公元1765年），赵学敏于《本草纲目拾遗》中将其正式立目单独分开。赵氏广泛收集当时化州橘红的记述，转引了《岭南杂记》、《关涵岭南随笔》、《粤语》、《识药辨微》、《梁氏家藏方》及《百草镜》等有关论述，其后的本草著作多以此为基础，并单独立目，与历史上的橘皮、橘红相区别。橘皮为药最早见于《本经》；有文献记载，橘红之名，始见于南宋-《洪氏集验方》，经查阅确实有“陈橘红之名”。古代所谓的橘红是指橘皮去除内层果实而取得的外层果皮经干燥的炮制品；化橘红本身不是橘而是柚，之所以称为橘红，是借助与宋以来橘红的声誉，后来又发现其功效优于一般橘皮去白之橘红，所以冠名化州橘红，以表产地。

清初出版的医药书中逐渐有关于化州橘红的记载，至1750年陈复正辑订《幼幼集成》，已正式载有化橘红；道光28年（1848年）吴其《植物名实图考》及《植物名实图考长编》均单独以橘红立目专指化州橘红；光绪年间郑肖岩辑著、曹炳章增订《增订伪药条辨》也以化橘红立目，郑、曹均分别加了辨伪按语；1935年陈存仁《中国医药大辞典》化州橘红项下除收集以上各家论述外，在橘皮项下还收载王士雄、张山雷等有关于化州橘红的论述。

建国前中医处方写橘红付橘皮橘红，写化橘红付柚皮橘红，但以橘皮橘红用量为多。后因橘皮橘红加工费时，产量低，20世纪50年代起产量逐渐减少，到60年代基本绝迹，被柚皮橘红所取代。1977年版《中国药典》曾经只收载柚皮橘红而不收载橘皮橘红，说明柚皮橘红曾是橘红的法定主流品种。